No entendía que pasaba con mi aplicación web.
Uso AppCache para almacenar en local los ficheros javascript necesarios. La app procesaba correctamente el manifest y luego actualizaba. En ese momento se quedaba en blanco. Si borraba la caché del navegador volvía a descargar el manifest y otra vez en blanco tras actualizar.
¿Dónde estaba el problema?
En la última versión de la app he optado por utilizar ya la beta 1 de jQuery 2.0. Aunque está en fase beta he realizado pruebas y en mi aplicación todo funciona correctamente (es necesario IE9 mínimo).
AVG detecta la librería jQuery (esta versión) como una amenaza y cuando el navegador descargaba el fichero el antivirus lo eliminaba de forma instantánea.
He tenido que volver a una versión estable del framework javascript para que AVG no me «protegiese» de la amenaza de usar la beta de jQuery 2.
Esperemos que una próxima actualización de la base de datos de virus de AVG controle la nueva versión de jQuery (antes de que se lance de forma oficial y los desarrolladores web empiecen a usarla en sus trabajos).